Szczepionki mają na celu imitować naturalną infekcję, w celu „nauczenia” układu odpornościowego radzenia sobie z prawdziwą infekcją. Po jej podaniu uaktywniają się takie same mechanizmy obronne, jak w przypadku kontaktu z naturalnym patogenem. Antygeny zawarte w szczepionce stymulują wytwarzanie przeciwciał i innych elementów układu odpornościowego. W konsekwencji, gdy osoba szczepiona zetknie się z danym patogenem, jej układ odpornościowy będzie już wiedział, jak radzić sobie z konkretnym patogenem. Organizm będzie przygotowany na szybkie i skuteczne zwalczenie choroby. Szczepionki tworzą tzw. pamięć immunologiczną. Limfocyty T oraz B, będące komórkami pamięci zostaną szybko uaktywnione w razie walki z zakażeniem.
Szczepionki nie dają gwarancji ochrony przed zakażeniem. Jeśli po jej przyjęciu pojawi się choroba, to jej przebieg powinien być znacznie łagodniejszy. Nie można też przyjąć jej w każdym dowolny momencie. Przed szczepieniem układ immunologiczny musi być w „dobrej formie”. Osoby z obniżoną odpornością (z powodu chemioterapii lub przyczyn naturalnych) nie mogą zostać poddane szczepieniu.
Szczepionki stymulują odporność w stosunku do wybranych drobnoustrojów wywołujących chorobę. Celem szczepionki jest uzyskanie nabytej odporności przeciwzakaźnej, przypominającą tę naturalną nabytą po naturalnym zakażeniu i przebyciu choroby. Jednakże w przypadku szczepienia, ilość dawki i kontakt z osłabionym czy zabitym drobnoustrojem jest kontrolowany. W przypadku zachorowania, ryzykiem jest intensywny przebieg zakażenia i możliwość wystąpienia powikłań pochorobowych. Natomiast w przypadku szczepionki objawy niepożądane występują stosunkowo rzadko i w nielicznych wyjątkach zagrażają zdrowiu czy życiu dziecka.
Szczepionka żywa może zawierać całe, osłabione drobnoustroje mogące namnażać się w ciele osoby szczepionej. Powoduje to silną reakcję immunologiczną, a odporność uzyskana w ten sposób jest podobna do odporności wywołanej przez naturalne zakażenie.
Szczepiona inaktywowana natomiast zawiera wyizolowane, oczyszczone antygeny lub zabite drobnoustroje i wywołuje ona słabszą odpowiedź organizmu. Pozyskanie pożądanego poziomu odporności za pomocą tej szczepionki może wymagać wielokrotnego podania szczepionki oraz dodania do niej substancji wspomagającej.
Konserwant użyty w szczepionkach to tiomersal, którego składem jest rtęć. Działa ona niekorzystnie na organizm, ale jej ilość użyta w szczepionce jest minimalna. Obecnie większość szczepionek jest już pozbawiona tego pierwiastka.
Do składu szczepionek zalicza się także śladowe ilości podłoża, na którym zostały wyhodowane drobnoustroje. Zdarza się, że jest to na przykład kurze białko będące silnym alergenem. Stąd też przypadki wywołania reakcji alergicznych po podaniu szczepionki.
Niestety bezpieczna szczepiona nie oznacza wolnej od jakiegokolwiek ryzyka. Niepożądane Odczyny poszczepieniowe to najczęściej zgromadzenie się odczyny w miejscu wstrzyknięcia oraz wystąpienie gorączki. Nie należy się obawiać, jeżeli szczepienie zostało przeprowadzone w prawidłowy sposób z użyciem odpowiednich narzędzi, a osoba po szczepieniu jest monitorowana przez lekarza również po podaniu szczepionki.
Matka przekazuje dziecku przeciwciała przez łożysko podczas kilku ostatnich tygodni ciąży. Zabezpieczają one w pewnym stopniu dziecko przed zakażeniem w jego pierwszych miesiącach życia. Później, dostarczone przez matkę przeciwciała zaczynają się rozpadać, a odporność dziecka musi polegać na komórkach i przeciwciałach wyprodukowanych w jego własnym organizmie. W związku z tym, przedwczesne rozwiązanie ciąży niesie ze sobą konsekwencje dostarczenia dziecku znacznie mniejszej ilości przeciwciał. Dlatego „wcześniaki” są w dużym stopniu podatne na zakażenia.
Przeciwko chorobom zakaźnym prowadzi się masowe szczepienia. Poprzez uodpornienie bardzo wysokiego odsetku dzieci i dorosłych, choroby te występują względnie rzadko. Jeżeli odsetek zaszczepionych osób się zmniejsza, przy czym zarazki tych chorób nie zostały wyeliminowane ze środowiska- ryzyko zachorowania osób nieszczepionych znacznie wzrasta co może prowadzić do wybuchu epidemii.
W poszczególnych krajach, nad bezpieczeństwem i dopuszczeniem szczepionek do dystrybucji czuwają powołane w tym celu instytucje. W Polsce jest to SANEPID, Narodowy Instytut Leków oraz Państwowy Zakład Higieny. Ponadto wpływ na dopuszczenie szczepionek ma utworzona przez Unię Europejską – Europejska Agencja ds. Rejestracji Produktów Leczniczych (EMEA), a także Światowa Organizacja Zdrowia. Wewnątrz wymienionych instytucji istnieje przepływ informacji, a partie szczepionek są sprawdzane w poszczególnych krajach przed dopuszczeniem do sprzedaży.